单细胞供体级统计分析
按供体比较细胞类型表达变化及细胞组成，支持配对设计与协变量。
- 所需材料
- 原始计数矩阵、已审核细胞注释、供体与分组信息
- 分析步骤
- 输入审核 → 供体级聚合 → 差异表达与组成比较 → 结果解读
- 主要交付
- 差异结果表、组成统计、图表与项目报告
- 适用范围
- RNA-only 已有真实数据验收；统计范围取决于独立供体数。
高级分析流程与定制服务
根据研究目标与数据条件，由分析人员确认方案并执行。请先提供数据类型、样本量、分组及研究问题，大型数据在方案确认后安排传输。
TCR / BCR 免疫组库分析
分析受体基因使用、克隆扩增、多样性及克隆型分布。
- 所需材料
- 10x filtered_contig_annotations.csv；联合分析另需 GEX 数据
- 分析步骤
- 受体链审核 → 克隆型识别 → 扩增与多样性 → 可选 GEX 联合
- 主要交付
- 克隆型与多样性表、基因使用图、克隆网络及分析对象
- 适用范围
- 10x contig 模式已有公开数据验证；VDJ–GEX 联合需项目评估。
单细胞染色质可及性分析
从已有 scATAC 结果解析细胞群、开放区域与转录因子活性。
- 所需材料
- Cell Ranger ATAC 峰矩阵、fragments 文件及索引、样本信息
- 分析步骤
- 质量审核 → LSI / 聚类 → marker peaks → motif 与基因活性
- 主要交付
- Signac 对象、质控与聚类图、marker peaks 及活性结果
- 适用范围
- 矩阵模式已有真实数据验证；FASTQ 上游与跨样本整合需先评估。
bulk RNA-seq 上游与差异分析
从测序读段获得表达定量，开展具有明确比较设计的差异分析。
- 所需材料
- 人类单端或双端 FASTQ、样本表、分组与实验设计
- 分析步骤
- 读段质控 → STAR / Salmon → 基因计数 → DESeq2 → 汇总
- 主要交付
- 质控报告、表达与计数矩阵、差异基因表及相关图表
- 适用范围
- 已有公开 FASTQ 端到端验证；差异分析需满足生物学重复与设计要求。
Illumina 甲基化芯片分析
识别差异甲基化位点与区域，并进行功能解读。
- 所需材料
- 450K / EPIC 成对 IDAT、样本表与分组信息
- 分析步骤
- IDAT 质控 → Noob 标准化 → DMP / DMR → 富集与报告
- 主要交付
- 标准化矩阵、DMP / DMR 表、可视化与 HTML 报告
- 适用范围
- 450K 已有真实数据验证；EPIC 需按平台评估。本流程适用于芯片 IDAT。
ChIP-seq / CUT&Tag 峰与信号分析
解析富集区域、信号分布和邻近基因关联。
- 所需材料
- 排序 BAM 与索引、参考版本；建议提供 Input / IgG 对照
- 分析步骤
- 比对结果审核 → 峰识别 → 信号轨道 → 峰注释与 TSS 图
- 主要交付
- 峰表、注释表、bigWig 信号轨道、质控与信号图
- 适用范围
- ChIP-seq H3K4me3 已有真实数据验证；其他靶标和 CUT&Tag 需评估参数。
16S 扩增子微生物组分析
分析菌群组成、多样性及组间差异丰度。
- 所需材料
- 双端 16S FASTQ、扩增区域与引物信息、样本元数据
- 分析步骤
- DADA2 去噪 → SILVA 注释 → 多样性 → ANCOM / ANCOM-BC
- 主要交付
- ASV 与分类表、多样性结果、差异丰度表及可交互图
- 适用范围
- 已有 60 样本公开 V4 数据验证；其他区域需评估截断与分类参数。
宏基因组分类与差异丰度分析
从宏基因组读段生成分类丰度，比较群落结构与关联特征。
- 所需材料
- 双端 shotgun FASTQ、样本元数据；高宿主比例样本需先去宿主
- 分析步骤
- Kraken2 分类 → Bracken 校正 → 多样性 → 差异丰度
- 主要交付
- 分类丰度矩阵、PCoA / PERMANOVA、ANCOM-BC 与 MaAsLin2 结果
- 适用范围
- 已有 20 样本公开数据验证；当前范围为分类丰度，不含功能通路分析。
CRISPR sgRNA 设计与脱靶评估
为目标基因筛选 sgRNA 候选并汇总脱靶信息。
- 所需材料
- 人类目标基因、编辑目的与筛选条件
- 分析步骤
- 目标确认 → 候选设计 → 脱靶审核 → 候选排序
- 主要交付
- sgRNA 候选表、脱靶评估与设计说明
- 适用范围
- 已有 RGS2 单基因验收；其他基因与实验策略需单独评估。
更多高级流程方案评估
可咨询 ATAC-seq、WES、RNA–ADT / Multiome、影像组学及药物–靶点建模方案。
- 所需材料
- 研究目标、数据类型、样本量与已有结果
- 分析步骤
- 需求沟通 → 数据与方法评估 → 确认可执行范围 → 制定方案
- 主要交付
- 经确认的分析方案与交付清单
- 适用范围
- 这些方向验证范围不同，需先评估可行性、资源及数据条件后确认是否承接。